Turister som redan bodde på lodger inne i parken fick stanna kvar, med undantag för områdena kring Letaba-floden som evakuerades, enligt South African National Parks.
Reuters TV-bilder visade stora delar av parken översvämmade av snabbt strömmande vatten, med trädtäppor som stack upp ur floden och flodhästar som simmade mellan dem. Skyltar visade att vägar var avstängda.
Översvämningar i sydöstra Afrika har blivit vanligare och allvarligare eftersom klimatförändringarna gör stormarna i angränsande Indiska oceanen kraftigare.
"Det här vattnet rör sig mycket snabbt," sade Krugers talesperson Reynold Thakhuli till Reuters på platsen, intill en väg som stängts av och var halvöversvämmad av rinnande vatten, och tillade att myndigheterna stängt Phalaborwa-porten, nära Kruger flygplats.
"Vi kommer att hålla den stängd i 24 timmar och övervaka vad som sker."
Han tillade: "vi är inte så oroliga för djuren", eftersom de tenderar att söka sig till högre mark i sådana situationer.
Den sydafrikanske turisten Gerhard Ackerman satt på verandan till sitt lodge, blickande ut över översvämningarna med en drink i handen.
"Det är Guds sätt att ge vattnet tillbaka till jorden," sade han. "Vi njuter av det."
