Ramaphosa har informerat FN:s generalsekreterare António Guterres om beslutet, som enligt uttalandet påverkats av behovet att "omstrukturera" Sydafrikas militära resurser.
Sydafrika har stött FN:s fredsbevarande insatser i Kongo i 27 år och har mer än 700 soldater stationerade där.
FN-uppdraget hade totalt nästan 11 000 soldater och poliser på plats när dess mandat förlängdes i december.
FN-mandatet är att bekämpa de många rebellgrupper som är aktiva i det oroliga östra Kongo, där konflikter har pågått i decennier och där striderna nyligen eskalerat.
"Sydafrika kommer att arbeta tillsammans med FN för att slutföra tidsplanen och andra detaljer kring tillbakadragandet, som ska vara klart innan slutet av 2026", tillade uttalandet.
Sydafrika kommer att fortsätta ha nära bilaterala relationer med Kongos regering och stödja andra multilaterala ansträngningar för att skapa varaktig fred i Kongo, enligt Ramaphosas kansli.
