Trump hade lovat att skrota havsbaserade vindkraftsprojekt genom en exekutiv order på sin första dag i ämbetet och att rulla tillbaka klimatregleringar som genomförts under president Joe Biden.
Detta inkluderar att lämna Parisavtalet, enligt vilket länder lovar att begränsa den globala uppvärmningen, och potentiellt upphäva Bidens flaggskepp Inflation Reduction Act, som ger massiva subventioner och incitament till ren energiteknik.
Världens största utvecklare av havsbaserad vindkraft, Orsted, föll med 10% vid 1133 GMT, medan vindturbintillverkarna Vestas och Nordex handlades ned med cirka 8% respektive 6%.
"Det viktigaste budskapet är att osäkerheten är tillbaka", sade Pierre-Alexandre Ramondenc, analytiker på Alphavalue, till Reuters.
Den amerikanska marknaden för förnyelsebar energi är en viktig tillväxtsektor för flera europeiska energibolag, inklusive Portugals EDP Renovaveis, Orsted och Tysklands största kraftproducent RWE, enligt Deutsche Banks analytiker.
"Ett fullständigt upphävande av IRA skulle bero på kongressen, även om betydande förändringar skulle kunna vara möjliga", skrev Deutsche Bank i ett kundbrev.
Medan projekt där byggandet hade påbörjats sannolikt skulle gå vidare, kan Trumps politik försena andra, till exempel havsbaserade vindkraftsprojekt som inte ska vara online förrän 2029 eller senare, tillade banken.
Trots osäkerheten hade Vestas och Orsted på tisdagen sagt att de förväntade sig att efterfrågan på grön energi i USA skulle fortsätta att växa oavsett vem som vann presidentvalet.
Nordex förblev också optimistiska om den amerikanska marknaden för landbaserad vindkraft men erkände potentiella förseningar i kundbeslut på grund av osäkerhet, sade en talesperson till Reuters på onsdagen.
Aktierna i RWE, som också har vindtillgångar, föll med 3,4%, medan EDP Renovaveis handlades 7,7% lägre.
Vestas, Orsted och EDP var de största förlorarna på det paneuropeiska STOXX 600-indexet.
EDP avböjde att kommentera medan RWE inte omedelbart svarade på en begäran om kommentar.