Flygplatsoperatören omdirigerade 17 flygningar som skulle landa på El Prat på måndag morgon till alternativa flygplatser, sa Aena på sitt X-konto.
En regn- och hagelstorm drabbade Barcelona-området i östra Spanien på måndagen, mindre än en vecka efter att landets värsta översvämningar dödade minst 217 personer i Valencia-regionen, 300 kilometer söderut.
Regnet upphörde sent på måndagsmorgonen och flygplatsen var i drift igen, sade en talesman till Reuters.
Kataloniens stadstågstjänster ställdes också in, sade transportminister Oscar Puente i ett inlägg på sitt X-konto.